1991年2月6日，民政部批复（民行批[1991]6号）撤销高邮县，设立高邮市。
？年，高邮市辖19个镇、13个乡、1个民族乡：高邮镇 三垛镇 马棚镇 卸甲镇 横泾镇 龙虬镇 周巷镇 司徒镇 界首镇 天山镇 送桥镇 郭集镇 临泽镇 川青镇 汉留镇 八桥镇 甸垛镇 沙堰镇 汤庄镇 甘垛乡 二沟乡 伯勤乡 东墩乡 湖滨乡 平胜乡 武宁乡 武安乡 龙奔乡 营南乡 张轩乡 周山乡 车逻乡 菱塘回族乡
2000年，高邮市辖19个镇、1个乡。总人口797752人，各乡镇人口： 高邮镇 148382 马棚镇 47752 龙虬镇 42761 车逻镇 32342 八桥镇 21255 卸甲镇 68266 汉留镇 28203 汤庄镇 32420 三垛镇 56778 甘垛镇 35036 横泾镇 21173 司徒镇 20759 临泽镇 58969 周巷镇 32947 周山镇 26850 界首镇 32960 郭集镇 21113 送桥镇 25294 天山镇 21771 菱塘回族乡 22721 （根据第五次人口普查数据；单位：人）
2002年，高邮市面积1962平方千米，其中建成区面积11.00平方千米；辖19个镇、1个乡，52个居委会、283个村委会：高邮镇、三垛镇、界首镇、临泽镇、八桥镇、送桥镇、横泾镇、汉留镇、车逻镇、郭集镇、卸甲镇、天山镇、汤庄镇、龙虬镇、马棚镇、甘垛镇、周巷镇、司徒镇、周山镇、菱塘乡回族乡。
2003年，高邮市面积1962平方千米，其中建成区面积16.50平方千米；辖19个镇、1个乡，52个居委会、282个村委会：高邮镇、三垛镇、界首镇、临泽镇、八桥镇、送桥镇、横泾镇、汉留镇、车逻镇、郭集镇、卸甲镇、天山镇、汤庄镇、龙虬镇、马棚镇、甘垛镇、周巷镇、司徒镇、周山镇、菱塘乡。
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